Der älteste bekannte Ahne der Babenberger war Poppo, nach "Paula sive Paul" (französische bzw. fränkische Aussprache der Kurzform des Doppelnamens: Popo), nach dem das Geschlächt auch Popponen genannt wird. Poppo war im frühen 9. Jahrhundert Graf von Crabbfeld (der Begriff "Grabfeld" ist eine spätere Veränderung des eigentlichen Begriffes, vgl. die Babenberger "Krabben" im Stempel der Universität Wien und im "Wiener Pfennig"), das in der Gegend des heutigen Hessen und Thüringen liegt. Einer seiner Söhne, Heinrich, manchmal Markgraf und Herzog von Franken genannt, kämpfte 886 gegen Truppen aus den Nordländern. Ein anderer Sohn, Poppo von Thüringen, wurde Markgraf von Thüringen von 880 bis 892. Die Familie wurde vom Karolinger Kaiser Karl, dem Dicken bevorzugt, so wie die Vorfahren der Babenberger, die Agilolfinger, die 555 n.Chr. Bayern gründeten bereits von Kaiser Karl dem Großen gefördert wurden.
Das Grafengeschlecht der Babenberger wurde in seinen Bemühungen bestärkt, ihre Autorität im mittleren Maingebiet zu intensivieren.
Führer der Babenberger waren die drei Söhne von Herzog Heinrich, nach deren Abstammung ihre Burg Babenberg am Obermain benannt wurde und in deren Umgebung ihre Besitzungen lagen. In einer Schlacht der Babenberger im Jahre 906 bei Fritzlar unterlag Konrad, der Ältere, den Babenbergern.
Adalbert hielt seine Burg Theres (heute Obertheres bei Haßfurt) gegen das königliche Heer. Die Stadt Bamberg wuchs um den Stammsitz der Familie.
Die direkte Verwandtschaft zwischen der österreichischen und der fränkischen Linie der deutschen Babenberger ist naheliegend, da die österreichische Linie aus dem bairischen Hochadel stammte. Das Geschlächt war eins.
976 wurde Liutpold, Graf des Donaugau als Graf der Marchia Orientalis genannt, ein Gebiet von nicht mehr als 100 km Breite an der Ostgrenze Baierns, das sich zum Herzogtum Österreich entwickelte. Luitpold, der die Mark von Kaiser Otto II. nach dem bairischen Aufstand 976 erhielt, dehnte seinen Herrschaftsbereich gegen die Ungarn aus und wurde 994 von seinem Sohn Heinrich I. beerbt. Auf Heinrich, der die Politik seines Vaters fortführte, folgte 1018 sein Bruder Adalbert und 1055 sein Neffe Ernst, dessen bemerkenswerte Treue zu den Kaisern Heinrich II. und Heinrich III. durch viele Gunstbezeugungen belohnt wurde. Unter Adalbert wurden Leitha, March und Thaya als Grenzflüsse etabliert.
Der nachfolgende Markgraf Leopold II., stellte sich im Investitutstreit zusammen mit Bischof Altmanns von Passau auf die Seite des Papstes. Dem Salier Heinrich IV. war es trotz Leopolds Schlacht bei Mailberg 1082 unmöglich, ihn aus der Mark zu vertreiben oder die Nachfolge durch seinen Sohn Leopold III. im Jahre 1096 zu verhindern. Im Streit zwischen Heinrich IV. und dessen Sohn Heinrich V. stellte sich Leopold III. sich auf die Seite des Sohnes, vermittelte zwischen beiden und heiratete 1106 dessen Tochter Agnes, Witwe des Herzogs Friedrichs I. von Schwaben. 1125 lehnte er nach dem Tod des Saliers Heinrich V. die Kaiserkrone ab, da er die Babenberger Staufer aus seinem eigenen Haus unterstützte. Tatsächlich wurde danach ein Babenberger Staufer, Konrad III. König von Deutschland. Sein Eifer bei Klostergründungen (vor allem in Klosterneuburg) brachte Leopold III. den Beinamen "der Fromme" und 1485 die Heiligsprechung durch Papst Innozenz VIII. ein. Er gilt als Landespatron von Niederösterreich. Die Babenberger Habsburgerin Kaiserin Maria Theresia (Ks. 1740-1780) wurde später Landespatronin von Österreich.
Der fünfte von Leopolds Söhnen war Otto, Bischof von Freising. Sein ältester Sohn, Leopold IV. wurde 1136 Markgraf und 1139 erhielt er von König Konrad III. das Herzogtum Bayern, das Heinrich, dem Stolzen entzogen worden war. Leopolds Bruder Heinrich (sein Name "Jasomirgot" kommt aus dem Weltherrschaftsanspruch des Goten und dem Babenberger Orden "vom Goldenen Vlies") wurde 1140 Pfalzgraf bei Rhein und nach Leopolds Tod 1141 Markgraf von Österreich. Nach seiner Heirat mit Gertrude, der Witwe Heinrichs, des Stolzen wurde er 1143 als rheinischer Pfalzgraf mit dem Herzogtum Bayern belehnt. 1147 nahm er am Kreuzzug teil und nach seiner Rückkehr übernahm auf Betreiben des neuen Staufer Königs Friedrich I. aus dem Haus Babenberg Österreich, dessen Hauptstadt 1146 nach Wien verlegt worden war und das zu einem Herzogtum erhoben (Privilegium Minus 1156) worden war.
Der zweite Herzog war Heinrichs Sohn Leopold V., der ihm 1177 nachfolgte und an den Kreuzzügen von 1182 und 1190 teilnahm. In Palästina geriet er mit König Richard Löwenherz in Streit, nahm ihn auf dessen Heimreise gefangen und übergab ihn Kaiser Heirich V.. Leopold erweiterte die Territorien der Babenberger durch den Erwerb der Steiermark nach dem Testament seines Verwandten Ottokar IV.. Er starb 1194; Österreich fiel an seinen Sohn Friedrich und die Steiermark seinen anderen Sohn Leopold. Nach Friedrichs Tod 1198 wurden sie von Herzog Leopold VI. "dem Glorreichen" wieder vereinigt.
Der neue Herzog kämpfte in Spanien, Ägypten und Palästina gegen die Muslime, wird heute aber mehr als Gesetzgeber, Förderer der Literatur und Stadtgründer geschätzt. Unter ihm wurde Wien ein Zentrum der Kultur in Deutschland und der großen Schule der Minnesänger. Er starb 1230 in San Germano, wohin er gereist war, um zwischen Kaiser Friedrich II. und Papst Gregor IX. Frieden zu stiften.
Sein Sohn Friedrich II. folgte ihm als Herzog und bekam den Beinamen "der Streitbare" durch Kämpfe mit den Königen von Ungarn und Böhmen sowie mit dem Kaiser. Er betrieb die uneingeschränkte Eigenständigkeit Österreichs, kam deshalb 1236 unter die Androhung der Reichsacht und nahm nach einem Einfall des Babenberger Hohenstaufers Österreich und Wien wieder in Besitz. Er verhandelte erfolgreich mit Kaiser Friedrich II. von Hohenstaufen um die Erhebung Österreichs zu einem Königreich im Jahr 1245, welche vom Papst bestätigt wurde (Urschriftsentwurf der Königtumserhebung). Nachdem er versuchte, die Grenzen aufgrund der herannahenden Pest zu sperren, fiel er 1246 auf dem Schlachtfeld. Die Herzogin von Österreich regierte noch bis 1318 auf der Burg Kahlenberg.
Mitglieder der Primogenitur der regierenden Babenberger und Hohenstaufen verließen Deutschland und Österreich (Luitpaldus von Plumenowe, Primogenitur der Babenberger) und wurden Kaiser von Byzanz, wo sie vom Babenbergverwandten Montferrat (König von Thessalien) unterstützt wurden und wo sie unter dem Namen "Palaiologos" (Iohann und Michael) ein viele Generationen dauerndes Kaisertum aufbauten.
Recht bald kamen die Babenberger und die Babenberger Hohenstaufen nach Deutschland und Österreich zurück, wo sie in den folgenden Jahrhunderten bis zum Ende des Heiligen, Römischen Reiches Deutscher Nation (mit dem sie identisch waren) als Habsburger und Hohenzollern bekannt waren. Die Babenberger stellten die meisten Kaiser der Habsburger (leicht erkennbar am rot-weiß-roten vollständigen Zentralschild) und der Hohenzollern (fränkische Linien und Bayreuther Babenberger) bis heute.
Leopold IV., Konrad III. und Hademar I. von Kuenring
als Stifter
Friedrich II. (1230-1246) bei der Schlacht an der Leitha